Da Maui keine Verbindung zum Festland besitzt und tausende von Kilometern vom Festland entfernt liegt, konnten die Tiere und Pflanzen nur über das Wasser und die Luft und später durch die Einwanderer ihren Weg auf die Insel finden. Daher hat sich hier eine endemische Tier- und Pflnazenwelt entwickelt. Tiere und Pflanzen, die es nur auf Hawaii und Maui gibt, die sich optimal an die Bedingungen vor Ort angepasst haben.
Gefährdet werden diese seltenen Arten durch die von Einwanderern mitgebrachten Tiere wie Ratten, Schweine und Ziegen, die teilweise wild herumlaufen und die Gelege von seltenen Vögeln, Insekten und Pflanzen gefährden. Viele Gebiete auf Maui, auch unter Wasser stehen heute unter Naturschutz, um dieses Leben zu schützen. Auch das Wegwerfen von Müll ist streng verboten, auch wenn es nur eine Dose aus dem Auto ist, dies kann mehrere hundert Dollar Strafe kosten.
Bestimmend für die Flora und Fauna auf Maui und Hawaii ist das subtropische Klima, der vulkanische Ursprung der Insel, die isolierte Lage im Pazifik und spätere menschliche Einflüsse. Die fruchtbare vulkanische Erde und das warme Klima sorgen für ein üppiges Pflanzenwachstum.
Eine einzigartige Pflanze, die nur im Haleakala Krater in einer sehr regenarmen Umgebung wächst ist der Silversword (Silberschwert). Diese Pflanze erhält ihr Wasser hauptsächlich aus dem Tau der sich durch die Luft niederschlägt.
Pflanzen wie die Kokospalmen, Zuckerrohr, Taro, Ananas und Kaffee wurden erst durch die polynesischen Siedler auf die Insel gebracht. Und werden heute teilweise in Plantagen angebaut und verkauft.
Die meisten der heute auf dem Land lebenden Tiere auf Maui wurden durch den Menschen eingeführt, nur sehr viele Arten von Vögeln und Fledermäuse gab es vor der menschlichen Besiedelung. Giftige Tiere wie Giftschlangen, giftige Spinnen oder Skorpione fehlen gänzlich auf Maui. Das heißt aber nicht das es keine Spinnen gibt. Die gibt es schon aber sind nicht gefährlich.
Der Staatsvogel von Hawaii ist die Nene Ente (Hawaiigans, Nenegans), die man auch im Haleakalakrater und sogar manchmal auf der Passstraße dorthin antreffen kann. Sie ist recht zutraulich, steht allerdings unter strengem Schutz und sollte nicht gefüttert werden.
Die Unterwasserwelt ist, wie in vielen tropischen Meeren sehr vielfältig und noch wenig zerstört. So dass man häufig sogar in unmittelbarer Nähe der Hotels und Apartments eine herrliche Unterwasserwelt erleben kann.
In der Winterzeit kommen tausende von Buckelwalen aus den Nordmeeren, um hier ihre Jungen zu gebären. Man kann sie aus nächster Nähe vom Strand aus beobachten.